Giống mèo Bali được đánh giá là một giống mèo có sức khỏe tốt, chỉ có một số vấn đề về sức khỏe.[3] Một bệnh đã được xác nhận có thể giống Bali mắc phải là Bệnh teo võng mạc tiến triển (PRA),[4] là một dạng bệnh trong đó gây thoái hóa võng mạc trong mắt; có thể dẫn đến thị lực yếu hoặc suy giảm thị lực.[5]

Đã có một số trường hợp mèo Bali bị giãn cơ tim, đó là một bệnh làm cơ tim trở nên lớn lên và làm giảm chức năng tim.[6] Ngoài ra còn có một số tuyên bố rằng giống mèo Bali có nguy cơ thấp bị bệnh cơ tim phì đại (HCM).[2]

Một vấn đề sức khỏe tiềm năng khác của giống mèo này là bệnh amyloidosis ở gan.[2]